Главными партнерами института "Гипроцемент" являются цементные заводы России и многих зарубежных стран. В последние годы особенно плодотворное сотрудничество сложилось с ОАО "Себряковцемент", ОАО "Мордовцемент", ОАО "Новоросцемент" и ОАО "Красносельскцемент" (Белорусия).
Деятельность института связана постоянными тесными партнерскими отношениями с ведущими мировыми цементными копаниями: KHD Humboldt Wedag, FL Smidth, Polysius, Pfeifer, Aumund, Loesche, Beumer, IBAU, Claudius Peters.
Гипроцемент также сотрудничает со многими специализированными проектными организациями, например, с НПО "Геореконструкция-Фундаментпроект", ПКП "Ферумпром", ОАО "Гипрошахт", "Ленгипромез", "Северо-Западная Инжиниринговая Корпорация".
Постоянными партнерами Гипроцемента в области научных исследований и подготовки кадров являются Санкт-Петербургский государственный технологический институт (технический университет), Белгородский государственный технологический университет им. В.Г. Шухова, Московский химико-технологический университет им. Д.И. Менделеева и другие научные центры.